1266 wird die Allerburg, frühere Angaben sind nicht mit Bestimmtheit machbar, als Stammsitz der Familie von Minnigerode genannt, die das dazugehörige Gericht mit 4 Dörfern besaßen. Die Burg war Grenzfeste der Südharzer Grafschaft Lutterberg-Scharzfeld gegenüber dem mainzischen Eichsfeld und dem Herzogtum Braunschweig-Grubenhagen. Es gab eine Ober- und eine Unterburg. Im 14. Jh. starb die Lutterberger Linie aus, was zu jahrhundertelangen Streitigkeiten um die Besitzrechte zwischen Kassel, den Braunschweigern und Schwarzburg führte. 1593 kam die Burg vollständig zu den Schwarzburgern, obgleich sie schon 1525 von Bauernhaufen zerstört und nicht wieder aufgebaut worden war. Die Minnigeröder verwalteten ihr Gebiet von Bockelnhagen aus und übernahmen 1546 für ihr Gericht die Augsburger Konfession.Wieder kam es zu Gebietsstreitigkeiten zwischen den Schwarzburgern und Braunschweigern, die 1612 das Gebiet sogar besetzten. Die Schwarzburger bekamen vor dem Reichskammergericht Recht, konnten es aber durch die Wirren des Dreißigjährigen Krieges nicht verwirklichen, so daß später auch noch das Kurfürstentum Brandenburg (später Preußen) Ansprüche erhob. 1654 und 1706 wurde die Herrschaft der Schwarzburger über das Allenberger Amt bestätigt. 1816 wurde nach dem Wiener Kongreß neben dem Amt Großbodungen auch das Amt Allerberg an Preußen abgetreten und zum Kreis Worbis geschlagen.
Heute sind an der Stelle der Allerburg nur noch die Reste einer neuzeitlichen Investmentruine zu sehn. 1914 versuchte man hier einen Aussichtsturm zu errichten, der nie vollendet und im 2. Weltkrieg stark beschädigt wurde.

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